L'Independente Esporte Clube Under 20 è una squadra di calcio brasiliana con sede a São João da Boa Vista, nello stato di San Paolo. La squadra è la sezione giovanile dell'Independente Futebol Clube.

L'Independente EC Under 20 gioca le sue partite casalinghe presso lo stadio Estádio Municipal Dr. José Soares Hungria, noto anche come "O Baetão". Lo stadio ha una capacità di 10.000 spettatori.

La squadra è stata fondata nel 1980 e ha vinto il campionato statale Under 20 di San Paolo due volte, nel 2009 e nel 2010. Ha inoltre vinto la Copa do Brasil Under 20 una volta, nel 2009.

L'Independente EC Under 20 ha prodotto alcuni giocatori di talento che hanno continuato a giocare a livello professionistico, tra cui:

* Lucas Moura (attaccante, Tottenham Hotspur)
* Felipe Anderson (centrocampista, Lazio)
* Vinícius Júnior (attaccante, Real Madrid)
* Rodrygo Goes (attaccante, Real Madrid)

La squadra è attualmente allenata da Ademir Fonseca, ex giocatore dell'Independente EC.