L'FC Flora Tallinn U19 è una squadra giovanile di calcio con sede a Tallinn, in Estonia. È la squadra giovanile dell'FC Flora Tallinn, uno dei club più titolati nella storia del calcio estone.

L'FC Flora Tallinn U19 è stata fondata nel 2000 e ha iniziato a giocare in Esiliiga B, la seconda divisione del campionato estone. Nella stagione 2008, la squadra è stata promossa in Esiliiga, la prima divisione estone.

L'FC Flora Tallinn U19 ha vinto il campionato estone U19 per cinque volte, nel 2004, 2006, 2007, 2008 e 2010. Ha anche vinto la Coppa d'Estonia U19 per tre volte, nel 2003, 2004 e 2005.

L'FC Flora Tallinn U19 è stata una delle squadre giovanili di calcio più titolate in Estonia negli ultimi anni. Ha rappresentato l'Estonia in numerose competizioni internazionali, tra cui la UEFA Youth League e la Baltic Youth League.

L'FC Flora Tallinn U19 ha una forte tradizione nel settore giovanile e ha prodotto molti giocatori che hanno poi giocato nella squadra senior dell'FC Flora Tallinn e nella nazionale estone. Alcuni dei giocatori più famosi che hanno militato nell'FC Flora Tallinn U19 sono Ragnar Klavan, Joel Lindpere, Konstantin Vassiljev e Marko Meerits.