L'FC Žemčužyna Odessa fu una squadra di calcio ucraina con sede a Odessa, attiva dal 1994 al 2013. Giocava nella Vysšaja Liha, il massimo campionato ucraino di calcio.

Il club fu fondato nel 1994 con il nome di FC Čornomorec-2 Odessa. Nel 1995 cambiò nome in FC Žemčužyna Odessa.

L'FC Žemčužyna Odessa vinse il campionato ucraino di seconda divisione nel 1994-1995, ottenendo la promozione in Vysšaja Liha. Nella stagione 1995-1996 si classificò al 13º posto in Vysšaja Liha, mentre nella stagione 1996-1997 si classificò al 12º posto.

Nella stagione 1997-1998 l'FC Žemčužyna Odessa si classificò al 10º posto in Vysšaja Liha. Nella stagione 1998-1999 si classificò al 7º posto, mentre nella stagione 1999-2000 si classificò al 4º posto.

Nella stagione 2000-2001 l'FC Žemčužyna Odessa si classificò al 5º posto in Vysšaja Liha. Nella stagione 2001-2002 si classificò al 6º posto, mentre nella stagione 2002-2003 si classificò al 7º posto.

Nella stagione 2003-2004 l'FC Žemčužyna Odessa si classificò al 12º posto in Vysšaja Liha. Nella stagione 2004-2005 si classificò al 13º posto, mentre nella stagione 2005-2006 si classificò al 15º posto e retrocesse in Perša Liha, la seconda divisione ucraina.

Nel 2011, il club vinse la Perša Liha e fu promosso in Vysšaja Liha. Tuttavia, il club non riuscì a mantenere la categoria e retrocesse nuovamente in Perša Liha nel 2013.

Nel 2013, l'FC Žemčužyna Odessa si ritirò dal campionato ucraino di seconda divisione e fu sciolto.