L'FK Panevėžys II è una squadra di calcio lituana con sede a Panevėžys. È la squadra riserve dell'FK Panevėžys, che gioca nella A Lyga, il massimo campionato lituano di calcio.
L'FK Panevėžys II è stata fondata nel 2015 e ha iniziato a giocare nella III Lyga, il terzo livello del campionato lituano di calcio. Nella stagione 2016 ha vinto il campionato e ha ottenuto la promozione in II Lyga. Nella stagione 2017 ha vinto di nuovo il campionato e ha ottenuto la promozione in I Lyga, il secondo livello del campionato lituano di calcio.
Nella stagione 2018 l'FK Panevėžys II ha concluso il campionato al sesto posto. Nella stagione 2019 ha concluso il campionato al quinto posto. Nella stagione 2020 ha concluso il campionato al quarto posto.
L'FK Panevėžys II non ha mai vinto un trofeo importante.
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