Il Pahtakor Makhachkala è una squadra di calcio russa con sede a Makhachkala, nella Repubblica autonoma del Daghestan. Fondata nel 1958, il club ha trascorso gran parte della sua storia nelle serie inferiori del campionato russo, raggiungendo la Premier League per la prima volta nella stagione 2012-13.
Dopo aver chiuso la stagione 2012-13 al tredicesimo posto, il Pahtakor Makhachkala è retrocesso in seconda divisione al termine della stagione 2013-14, terminando all'ultimo posto. Il club è tornato in Premier League nella stagione 2016-17, ma è retrocesso nuovamente dopo una sola stagione.
Il Pahtakor Makhachkala ha vinto la Coppa di Russia nel 2002, battendo in finale il Rostov per 3-1. È stato anche finalista della Coppa di Russia nel 2003, perdendo contro il CSKA Mosca per 1-0.
Il club gioca le sue partite casalinghe nello Stadio Dinamo di Makhachkala, che ha una capacità di 15.000 spettatori.
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