Con il nome Japan Football League si indicano due leghe calcistiche giapponesi fondate nel corso degli anni novanta: la prima (denominata ufficialmente ジャパンフットボールリーグ - Japan Futtobōru Rīgu) ha rappresentato dal 1992 al 1998 il secondo livello del campionato giapponese di calcio, la seconda (denominata 日本フットボールリーグ - Nihon Futtobōru Rīgu) è stata dal 1999 al 2013 il terzo livello del campionato giapponese, per poi diventarne dal 2014 il quarto a seguito della creazione della J3 League. Sebbene la lega sia ufficialmente a carattere dilettantistico, in essa partecipano anche squadre professionistiche che possiedono lo status di membro associato della J. League.
Quando la Japan Football Association decise di creare un campionato professionistico di calcio, la Japan Soccer League (JSL), la massima serie fino alla stagione 1991-1992, fu riorganizzata in due nuovi campionati. Uno fu la nuova massima serie professionistica nota come J. League, mentre l'altra diventò la Japan Football League.
Delle 28 squadre che militavano nelle 2 divisioni della JSL, 9 insieme all'indipendente Shimizu S-Pulse vennero iscritte alla J. League, una (Yomiuri Junior) venne fusa con un'altra squadra, e le altre 18 vennero iscritte alla JFL insieme a Osaka Gas e Seino Transportation, i vincitori dei play-off dei campionati regionali.
Alla fine del 1998 venne creata la J. League Division 2. Delle 16 squadre che disputarono l'ultima stagione della JFL, 9 vennero promosse nella nuova J2 mentre le altre 7 restarono in JFL che era diventato, con la creazione della J2, il terzo livello del calcio giapponese. Queste sette, lo Yokogawa Denki (vincitore dei play-off dei Campionati Regionali) e lo Yokohama F.C. presero parte alla stagione inaugurale 1999.
Le 9 squadre che militarono nella prima stagione furono: Denso F.C., Honda Giken F.C., Jatco F.C., Kokushikan University F.C., Mito HollyHock, Otsuka Pharmaceutical F.C., Sony Sendai F.C., Yokohama F.C. e Yokogawa Denki F.C..